Нет, нельзя с помощью выбора при оформлении заказа влиять на расчет НДС по заказу.
Но можно увеличить сумму заказа, если пользователь платит по безналу: можно добавить позицию доставки с нулевой стоимостью с главным свойством, содержащим значения НАЛ/БЕЗНАЛ. Значению НАЛ присвоить стоимость 0, значению БЕЗНАЛ - процент налога. Затем прописать формулу цены в категории доставки, которая будет добавлять процент налога к общей сумм заказа:
'totalorderamount'/100*'dropdown'