Надпись "Договорная" вместо цены возможна только для товаров с базовой ценой 0. Если цена в результате выбора свойств товара будет рассчитана как 0, то надписи "Договорная" вместо 0 не будет. Тут необходима индивидуальная доработка под вас.
p.s. При такой формуле первая страница открывается с начальной ценой "5 руб". Это тоже косяк. Я так понимаю все же где то косяк в моем алгоритме
Потому что в формуле вы добавочные цены умножаете на qty (выбранное количество), а выбранное количество у вас изначально 0.