Выяснил в чем причина отсутствия необходимых полей в БД для пользовательских полей товара: это так же обновление с очень старой версии - эти поля были добавлены в старой версии, где присуствие этих полей в таблице корзины в БД не требовалось. В новой версии требуется.
Решение проблемы: как я описывал постом ниже, для каждого самостоятельно добавленного поля товара (свойства или характеристики) зайти в редактирование поля товара и сменить параметр "Свойство" на противоположное значение, сохранить поле товара, затем установить параметр "Свойство" в исходное значение и снова сохранить поле товара. При этом будут пересозданы все необходимые поля в базе данных.