Если есть домен-синоним в зоне .рф, то этот домен тоже включается в лицензию с основным доменом сайта.
На поддомены лицензия не распространяется, но, если настройка и отладка сайта происходят на отладочном поддомене, то так же возможно включение этого поддомена в лицензию.